Ce n’est qu’à partir de 1147, après avoir lancé la deuxième croisade, que le pape Eugène III octroie aux
Templiers la croix rouge qui sera leur emblème. Les
chevaliers templiers la porteront sur l'épaule gauche de leur manteau blanc.
Mais la monté en puissance de l’ordre connaît un coup d’arrêt le 28 mai 1291 lorsque Saint-Jean-d'Acre, le dernier bastion chrétien en Terre sainte, tomba malgré la résistance acharnée des Templiers. L’Ordre dut alors se replier sur Chypre où se trouvait alors leur siège mondial.
Mais les Templiers étaient présents dans toute l’Europe et Chypre se trouvait très excentré et bien trop proche du Proche Orient. Les Templiers se seraient alors rabattus pour une terre beaucoup plus centrale et très difficile d’accès. La Suisse correspondait parfaitement à ces critères. Ce n’est que deux mois après la chute de Saint-Jean-d’Acre que l’alliance fut créée entre les trois cantons suisses originaux, sans doute pour préparer leurs arrières en cas de repli.
Et bizarrement, les armoiries de la Suisse représentent la fameuse Croix des Templiers, le
« gonfanon baucent », mais avec les couleurs inversées : Une croix blanche sur un tissus rouge. Ce drapeau était très facile à fabriquer : il suffisait du sang d’un animal sacrifié répandu sur un drap blanc, après avoir protégé le croisillon central.
Après la
rafle des Templiers du 13 octobre 1307, beaucoup de templiers français se sont enfuit en Suisse, emmenant avec eux tout leur or et leurs trésors. C’est le début du fameux système bancaire Suisse avec son
« secret bancaire ». Toute la richesse de ce pays enclavé dans les montagnes, ne disposant que peu de ressources, provient en réalité du trésor des Templiers.
Ce n’est que quelques années après le début de la Chasse aux Templiers que le
Pacte de Brunnen fut signé, en 1315. Toutes les dates coïncident donc avec les dates importantes des
dernières années de l’Ordre.